בית הדין משמש גם כלשכת רישום הנישואים היהודית-קראית. כיום עומד בראש הלשכה הרב הראשי, הרב ד"ר משה פירוז, המשמש כרשם נישואין, מכוח הסמכה שניתנה לפי פקודת הנישואין והגירושין (רישום) על ידי ראש הממשלה, בנימין נתניהו. בית הדין נמצא בתהליכי הטמעה של מערכת "שירת הים" של המשרד לשירותי דת, אשר תאפשר פישוט של הליך רישום הנישואין.

​