גירושין
פעמים קורה שזוג שנישא כדת וכדין לא מצליחים לפתור את המחלוקות ביניהם. כאשר גם הליך של שלום בית לא עוזר, אז הם מחליטים יחדיו לפרק את התא המשפחתי ולהיפרד.
לעיתים גירושין הם בקשה של אחד הצדדים בלבד, לאחר שקמה לו עילת גירושין.
במידת הצורך מוסמך בית הדין לבצע הליך גירושין ולהוציא תעודת גירושין רשמית עם סמל המדינה עליה. הגירושים המתקיימים מטעם העדה מוכרים על ידי מדינת ישראל. כמו כן, מוסמך בית הדין לדון בענייני ממונות בני הזוג ולהכריע בענייני חלוקת רכוש.
כתב סירוב
בני זוג יהודים קראים פטורים מהגעה לבית הדין הרבני ואינם כפופים לסמכות שיפוטו, וזאת אף במקרה בו הוגשה כנגד בן הזוג תביעה לבוא להתדיין שם בשל טעות של עורך-דין או בכוונה להטריד את בן הזוג השני. במקרה כזה, יש לפנות אל מזכירות בית הדין, ומזכיר בית הדין יספק כתב סירוב, בו יוסבר כי מאחר ובן הזוג נמנה על עדת היהודים הקראים – הוא לא יגיע להתדיין בבית דין רבני שנעדר סמכות לדון בעניינם של יהודים-קראי ללא הסכמת שניהם.