בית הדין היהודי-הקראי בישראל נוסד בשנת 1948 עם הקמת המדינה על מנת לתת פתרון למחלוקות בענייני נישואים וגירושין בין בני העדה ולאפשר רישום חוקי ותקף של גירושין בין יהודים קראים. בית הדין ממשיך את מסורת בתי הדין של העדה ששכנו בגלויות השונות, ופועל בישראל בהתאם לחוקי המדינה.

 

מבנה בית הדין נמצא כיום בעיר רמלה, בבניין היכל שלמה בסמוך למשרדי עמותת היהדות הקראית העולמית. בבית הדין אולם דיונים אחד, ששופץ לאחרונה.

 

בראש בית הדין עומד כיום אב בית הדין הרב החכם אברהם גבר, לצדו מכהנים דיינים נוספים. בית הדין דן בדרך כלל בהרכב של שלושה דיינים (בדרך כלל אב בית דין ושני דיינים נוספים). במקרים  שאינם נוגעים לענייני איסור והיתר ניתן לקיים את הדיון בפני דיין אחד בלבד. גם בעניינים טכניים, רשאי דיין אחד לתת החלטה. במקרים מורכבים או במקרה בו ניתן היתר לדיון נוסף, בית הדין דן בהרכב מורחב של חמישה דיינים לפחות בראשות הרב הראשי.

 

מקום המדינה פעל בית הדין דה-פאקטו, ומכוח הכרה של המדינה בפעולותיו. אולם, בשנת ה'תשע"ד לאחר שנתעוררו ספקות ביחס למעמדו של בית הדין ונטענה טענה כי אינו בית דין מוסמך, ניתן פסק הדין של בית המשפט העליון בבג"ץ 1147/14 הרב משה פירוז נ' ראש הממשלה. פסק דין זה העניק סמכויות של בית דין לבית הדין היהודי-הקראי והפך את ההכרה של מדינת ישראל בבית הדין היהודי-הקראי להכרה דה-יורה ולא רק להכרה דה-פאקטו, מכוח הוראת שעה שיפוטית של בית המשפט העליון. משמעות הדבר היא שמאז פסק הדין, בית הדין היהודי-הקראי הוכר על ידי בית המשפט העליון כבית דין דתי לכל דבר ועניין, הפועל מטעם מדינת ישראל. בהתאם לכך, ניתנו לו שוב תעודות גירושין הנושאות את סמל המדינה, ויתר הסמכויות הנתונות לבתי דין בישראל.

 

בהתאם לפסיקת בית המשפט העליון, בית הדין בעל הסמכות הייחודית לדון בענייני נישואים וגירושין של יהודים קראים, ולבתי דין רבניים אין סמכות לדון בענייניהם של יהודים קראים. בנוסף, ענייניהם של יהודים קראים (בכל ערכאה שהיא) יידון לפי הדין האישי החל עליהם, דהיינו הדין היהודי-קראי.

 

כשמתעוררת מחלוקת בין בני זוג יהודים קראים, ניתן לפתוח תחילה תיק בבית הדין על מנת לדון בה או בבית משפט לענייני משפחה, אולם בכל מקרה ענייני המעמד האישי הם בסמכותו הייחודית של בית הדין, ולכן בתי משפט לענייני משפחה מפנים אליו זוגות על מנת להשלים את הליך הגירושין במידה ונפתח תחילה תיק בבית משפט לענייני משפחה.